Prinsessa Peachin sieppaus häiritsee jälleen elämää Mushroom Kingdomissa. Bowser ei voi rauhoittua eikä keksiä mitään uutta paitsi prinsessan sieppaamista. Super Mario Flashin Mario lähtee matkalle pelastaakseen tytön, tämä ei ole hänelle ensimmäinen kerta, ja sinulla on taas syy osallistua hauskaan seikkailuun. Ohjaa Mario tasojen yli hyppäämällä pahojen sienien ja kilpikonnien selässä. Löydä suuri taika kärpäshelta, joka tekee putkimiehestä Super Marion. Lisäksi alustalta löytyy maaginen kukka, joka myös vahvistaa sankaria ja antaa hänelle voimaa Super Mario Flashissa.
