Kloonausta on käytetty useammin kuin kerran tai kahdesti pelimaailmassa ratkaisuna ongelmien ongelmiin. Quantum Split käyttää myös tätä periaatetta. Mustan värin pikselisankari putosi labyrintin alustaan ja päästäkseen siitä ulos, hän tarvitsee oman klooninsa. Alkuperäisillä tasoilla häntä ei tarvita, sankari ohittaa kaikki esteet. Hän osaa hypätä korkealle ja esteiden ylittäminen ei ole vaikeaa. Vaaralliset ansat ilmestyvät kuitenkin edelleen, mikä voidaan eliminoida painamalla suuri punainen painike. Tämä tarvitsee kloonin. Napsauta R -avainta ja valkoinen klooni tulee näkyviin. Hän toistaa prototyypinsa aiemmat toimet kvanttijakoon.
