Junat ovat tunnetuin ja suosituin liikennemuoto, jokainen teistä on ollut rautatien matkustaja ainakin kerran. Pelissä Train Racing 3D joudut avaamaan junien liikkumisen jokaisella uudella asemalla, ohittaen tasot. Napsauta junaa ja se kulkee kiskoja pitkin. Se on yksinkertaista, jos on yksi juna, ja kun niitä on kaksi, kolme tai jopa enemmän. Sinun on annettava komento kunkin junan liikkeelle, mutta niin, että ne lopulta eivät törmää jonnekin seuraavassa risteyksessä. Tarvitset laskelman ja suunnittelun, jotta rautatieliikenne säilyisi matkustajien kannalta turvallisena kuten ennenkin.