Sota puhkesi kahden ninjajärjestyksen välillä. Sinä pelissä Ninja Versus Ninja osallistut tähän yhteenottoon. Pelin alussa sinun on valittava hahmosi. Sen alla sinulle annetaan aseita ja ammuksia. Sen jälkeen sankarisi on tietyllä alueella. Vastustajasi on sijainnin vastakkaisessa päässä. Signaalin jälkeen sinun on siirryttävä hänen suuntaan. Heti kun pääset lähelle, kaksintaistelu alkaa. Voit lyödä miekalla tai käyttää heittoaseita. Sinun tehtäväsi on tappaa vihollinen mahdollisimman nopeasti ja saada siitä pisteitä. Hän hyökkää myös sinua vastaan. Sinun on vältettävä hänen iskujaan tai estettävä ne miekallasi.