Nuori poika Kioto liittyi ninjasotureiden salaisiin toimiin. Hänet lähetettiin vuorille erityiseen temppeliin, jossa Akatemia sijaitsee, missä kaikki alkavat sodat koulutetaan. Tänään sankarillamme on harjoittelu, ja sinä autat häntä johtamaan häntä Ninja Academy -pelissä. Näytölläsi edessäsi näet hahmosi, joka seisoo temppelin pihalla. Sen alle sijoitetaan erityinen paneeli ohjauspainikkeilla. Hänen avullaan ohjaat sankarisi toimintaa. Esineet näkyvät hänen edessään eri puolilta. Sankarisi johtajan on annettava heille tarkkoja iskuja käsien tai jalkojen avulla. Jokainen tarkka osuma tuo sinulle tietyn määrän pisteitä. Kun olet harjoitellut iskuja, siirryt erilaisten tekniikoiden kehittämiseen.