Kausitaistelut alkavat Naruto Free Fight: Kausi 2: ssa. Taisteluun: Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha ja Kakashi. Valitse sankari, jonka avulla voit voittaa kilpailijat ja sinut siirretään paikkaan, jossa taistelu alkaa suoraan. Useat viholliset hyökkäävät hahmosi kerralla. He tulevat esiin yksi kerrallaan, sitten ryhmissä. ZX-avainten avulla joudut pakottamaan taistelijan torjumaan hyökkäyksiä, ja on parempi hyökätä itseäsi ja siirtyä eteenpäin keräämällä bonuksia ja siirtämällä tasoja. Lyö vastustajiasi tarkoilla lyönteillä ja potkuilla. Käytä erityisiä kykyjäsi vain ääritapauksissa, kun Naruto Free Fight: Season 2: ssa on liian paljon vihollisia.