Pingviinit ovat lintuja ja niillä on siivet, vaikka kukaan ei ole koskaan nähnyt niitä lentävän. Pelissä Flappy Penguin pingviinimme joutuu kuitenkin lentää, muuten se voi joutua terävään torniin. Paikoissa, joissa nämä linnut elävät, ei ole puita, vaan vain jäinen autiomaa tai lumen peittämiä kiviä. Mutta yhtäkkiä tyhjästä ilmestyi outo laite, jonka tuntemattomat voimat aktivoivat. Ylhäältä ja alhaalta pylväät, joiden reunat olivat terävästi teroitettuja kuin lyijykynä, laskettiin alas, sitten laskettiin. Näiden pylväiden tai panosten välissä Flappy Penguinin pullean pingviinin täytyy puristaa läpi, eikä hän voi tulla toimeen ilman apuasi. Huomaa, että esteen ohittamiseksi sinun ei tarvitse tehdä enempää hyppyjä kuin tasolla on varattu.