Suorittaessaan tiedustelua ninjasoturi putosi ansaan ja onnistui vangitsemaan samurain. Sankarimme pääsi ulos häkistä ja nyt hänen täytyy paeta. Sinä pelissä Ninja Escape autat ninjaa tässä seikkailussa. Hahmosi näkyy edessäsi olevalla näytöllä, joka asteittain kiihtyy ja juoksee tietä pitkin. Hänen matkallaan tulee esteitä ja ansoja, jotka sankarisi on voitettava vauhdilla. Myös ninjan matkalla on samuraita, jotka haluavat tuhota sankarisi. Sinun täytyy heittää ne vihollista käyttämällä erilaisten heittoaseiden arsenaalia. Kun osut vihollisiin, tuhoat heidät ja saat tästä tietyn määrän pisteitä Ninja Escape -pelissä.