Ennen kuin pelaat peliin, Square Stacker asettaa tehtävän - asettaa eri värejä olevien neliöiden enimmäismäärän pieneen tilaan. Palapelin ratkaisemiseksi on välttämätöntä siirtää oikealla näkyviä elementtejä mihinkään harmaasta pienoiskuvasta. Muista kuitenkin, että kolme identtistä värikuvaketta, jotka on rivi rivillä, poistetaan.