Bear Banjo yhdessä sisarensa kanssa asuu metsän syvyyksissä. Eräänä päivänä hahmo heräsi ja huomasi, että hänen nuorempi sisarsa oli kadonnut. Nyt peli Banjo-Kazooie, autamme häntä löytämään hänet. Apua varten luontomme kääntyi taikuudeksi Kazue. Maagisen rituaalin jälkeen hän tarttui reittiin ja lensi sen mukana. Nyt kun suoritat sankarin, hänen täytyy juosta hänen jälkeensä jättämättä. Ole varovainen, miten sinulla on ansoja ja ajetaan sankari pakottaa heidät hypyttämään heidät. Joskus saatat kohdata erilaisia aggressiivisia hirviöitä ja sinun täytyy tuhota ne.
