Kuvittele, että tavallinen klerin kynä sai elämästä ja yrittää nyt tietää ympäröivän maailman. Meidän hahmo päätti mennä matkalle läpi huoneen, ja sinä pelissä Pen Run auttaa häntä tämän kanssa. Sankarisi tulee liikkua pitkin katkoviivaa, joka näkyy edessäsi. Reitillä on monia käänteitä. Sinun on pidettävä lyijykynä tiukasti sen kanssa ohjauspainikkeilla. Samalla matkalla törmäät erilaisiin esteisiin, joita sinun on vältettävä. Muista, että kaikki törmäykset johtavat sankarin menetykseen ja kuolemaan.