Hexagons ovat pitkään vakiinnuttaneet itseään lukujen maailmassa palapelien hahmoina ja Shishagonissa he ovat päähenkilöitä. Ne tarkoittavat niiden vaiheiden lukumäärää, jotka on toteutettava kuusikulmaisen esineen täydelliseksi tuhoamiseksi. Tasot muuttuvat monimutkaisemmiksi vähitellen, jotta voit tottua sääntöihin, koulutustason on läpäistävä.
