Prinsessa Anna päätti mennä kaupunkiin incognito ja nähdä, miten tavalliset ihmiset elävät. Kävellen ympäri kaupunkia hän päätti mennä kaupungin metrolle. Ongelmana on kuitenkin se, että yksi rikollisista tunnisti hänet ja haluaa nyt yhdessä hänen rikoskumppaninsa kanssa, että heidät pyydetään pyytämään lunnaita. Sinulla pelissä Subway Princess Run on autettava prinsessa paeta heiltä läpi metron tunneleiden. Sinun sankarillesi kulkee niiden läpi asteittain ottamalla nopeutta ja keräämällä erilaisia kultakolikoita ja muita kaikkialla sijaitsevia esineitä. Sinun täytyy auttaa häntä välttämään törmäyksiä esteiden kanssa ja hypätä eri esteiden yli.
