Nuori kaveri Jack asuu uskomattomassa pikselimaailmassa. Nykyään sankarimme haluaa mennä syrjäiseen sijaintiin kerätäkseen kultakolikoita sinne. Pidät Pixel Runner -pelissä häntä seurassa. Sankarisi täytyy mennä tietä pitkin, joka on jatkuva esterata. Se koostuu lohkoista, jotka voivat pyöriä avaruudessa. Sankariesi kulkee yhtä heistä. Joten hän ei putoa kuiluun, napsautat näyttöä laajentaaksesi muita lohkoja ja yhdistääksesi ne ensimmäiseen. Näin sankarisi pystyy ohittamaan kaikki vaaralliset tieosuudet.
