Sienivaltakuntaan on ilmestynyt tuntematon matkustaja, mutta tunnet hänet täydellisesti - tämä on salamurhaaja palkattu tappaja. Kuningas kutsui hänet tuhoamaan ikuisesti Bowserin - valtakunnan päävihollisen. Mario kieltäytyi äskettäin taistelemasta, hän on kiireinen rauhanomaiseen työhön, hän oli kyllästynyt kuolemaan loputtomia rikoksia pahoilla sienillä ja kilpikonnilla. Sankarimme korvaa hänet, ja kuinka onnistuneesti riippuu sinusta. Auta häntä menemään läpi monimutkaisen alustaympäristön Super Assassinissa, tuhoamaan kaikki viholliset hyppäämällä heille ja keräämään kolikoita. Joillakin kultaisilla kuutioilla on maagisia hedelmiä. Jos löydät ja syöt ne, sankari kasvaa.