Arvokkaita rullavarusteita varastettiin luostarista, jossa ninja-sankarimme asui ja opiskeli. Maaginen riisi on painettu ohuelle riisipaperiin. Jokainen, joka lukee niitä, voi tulla taivaan imperiumin hallitsijaksi. Arvokkaita esineitä on pidetty välimuistissa vuosisatojen ajan, mutta joku onnistui varastamaan ja kantamaan ne pois. Sensei lähetti parhaan oppilaansa etsimään, mutta ilman sinua hän ei selvinnyt Ninja Runissa. Kaverin eivät kohtaa vain pahat ihmiset, vaan todelliset pahat samurai-demonit alamaailmasta. Elämän aikana he olivat taitavia sotureita, ja kuoleman jälkeen he alkoivat palvella paholaista ja maagiset taidot lisättiin kykyihinsä. Ninjan täytyy juoksua, hypätä ja heittää terästähteitä selviytymään vihollisista.
