Naruto ei ole pitkään ollut levoton teini, joka ei tiedä kykyjään, mutta on edelleen vaikea kutsua häntä viisaaksi ninjakokemukseksi. Siitä huolimatta hänellä on joukkue ja he ovat valmiita taistelemaan pimeiden joukkojen kanssa oikeudesta tulla suureksi shinobi-johtajaksi. Pelin vaiheessa Ninja Runner Runato voit auttaa sankaria voittamaan seuraavat viholliset, joiden virtaus ei kuivu. Vastustajien määrä on suuri ja sankari asetettu nopeuteen. Hän juoksee nopeasti, ja annat hänet reagoimaan lähestyviin esteisiin, sekä eläviin että elottomiin.