Hyväntahtoisella putkimiehellä Mario on kilpailija - ovela ja ovela Vario. Hän kilpailee jatkuvasti sankarin kanssa mistä tahansa syystä. Salaa hän haluaa ottaa Mario-paikan Sienivaltiossa lähemmäs kaunista prinsessa Peachiä. Eräänä päivänä ovela kaveri ehdotti putkimiehen järjestävän juoksukilpailun. Voittaaksesi sinun täytyy olla ensimmäinen, joka saavuttaa punaisen lipun hyppäämällä taitavasti esteiden yli. Auta Mariota, et halua Varion voittavan. Juoksun aikana yritä olla menettämättä kolikoita. Tämä ei ole vain kulta, vaan tapa nopeuttaa sankaria, hän juoksee paljon nopeammin kolikon taskussa. Jos sankari kompastuu esteen yli, hän palaa Super Mario vs Wario -alkuun.