Dark Ninja -järjestys tunkeutui temppeliin ja sieppasi mestari Chenin. Nyt rohkean ninja Go ja hänen ystävänsä on mentävä pimeän järjestyksen temppeliin ja vapautettava opettajansa. Sinä pelissä NinjaGo Chen's Return autat häntä tässä. Näytölläsi edessäsi näet sankarisi, jotka ovat tietyllä alueella. Jokainen heistä on aseistettu erityisillä aseilla. Ohjauspainikkeilla voit hallita kutakin merkkiä. Sinun on siirryttävä eteenpäin ja tutkittava kaikki huolellisesti. Kerää erilaisia esineitä, jotka ovat hajallaan kaikkialle. Ne tuovat sinulle pisteitä ja voivat antaa sinulle erilaisia bonuksia. Hyökkää häntä vastaan heti, kun tapaat vihollisen. Vaikuttavat iskut aseellasi tuhoat vihollisen ja saat myös tietyn määrän pisteitä tästä.