Siitä on tullut hyvä perinne, että Marvel -maailmankaikkeuden supersankarit voivat lähteä yksin hirviöitä vastaan. Batman Commanderissa autat Batmania torjumaan hirviöiden hyökkäyksiä avaruudesta. Erittäin epämiellyttävät olennot, jotka ovat samanlaisia kuin upeat peikot, hyökkäävät sekä ilmasta että maasta. Jotta ei tule helppo kohde, sankari on liikkeessä koko ajan, eli juoksee. Juoksun aikana sinun on ammuttava vihollisia kohti, jotka liikkuvat kohti tai hyökkäävät ylhäältä. Teiltä vaaditaan kätevyyttä ja taitoa. Tehtävänä on saada maksimimäärä pisteitä. Sankarilla on kolme elämää, heidän lukunsa näkyy vasemmassa yläkulmassa. Kun kohtaat vihollisen, yksi elämä katoaa Batman Commanderissa.