Pelissä Batman Bubble Shoot tapaat paitsi Batmanin itsensä eri elämänvaiheissa, myös hänen vastustajansa ja erityisesti tunnetuimman - Jokerin. Suurin osa supersankarin tarinoiden hahmoista mahtuu kompaktisti pelikentälle ja ilmestyy edessäsi kuplien muodossa, joiden sisällä on kuvia. Itse asiassa tämä on tavallinen kupla -ampuja, jossa sinun on pudotettava kaikki pallot kentältä, ammuttava niitä alhaalta tykillä tai yksinkertaisesti ohjattava nouseva pallo haluttuun kanavaan. Keräämällä kolme tai useampia palloja yhdessä provosoit heidät putoamaan. Jos pallot saavuttavat valkoisen katkoviivan, Batman Bubble Shoot -peli päättyy.