Gothamissa on tarpeeksi roistoja, ja heti kun Batman onnistuu käsittelemään yhden, ilmestyy uusi, kekseliämpi ja vaarallisempi. Tällä kertaa Batman Color Fallissa ilmestyi tuntematon nero, joka päätti tuhota kaupungin läpi virtaavan joen. Hän aikoo kaataa tonnia myrkyllistä moniväristä nestettä veteen, mikä tappaa kaikki elävät olennot, ja joen sijasta ilmestyy haiseva suo. Myrkyllinen neste on jo kaadettu vesisäiliöihin, jotka sijaitsevat eri paikoissa joen yläpuolella. Batman onnistui löytämään tämän neron ja käsittelemään häntä, mutta nyt hänen on tyhjennettävä värillinen neste ja vietävä se mahdollisimman kauas kaupungista. Aja veneitä ja tyhjennä liuokset avaamalla tarvittavat pellit. Nesteen värin on vastattava veneen väriä Batman Color Fallissa.