Ninja Dogs 2: n toisessa osassa autat edelleen ninjakoirien ryhmää taistelemaan kissojen valtakunnan vartijoita vastaan. Tänään sinun täytyy hyökätä heidän linnojaan vastaan ja kaapata ne tai tuhota ne. Näytölläsi näet tietyn alueen, jolla rakennukset sijaitsevat. Rakennusten sisällä näet sotilaskissaa. Tykki asennetaan tietylle etäisyydelle rakennuksista. Sen avulla ammut sotakoiriasi ja he, lentäneet tietyn matkan, törmäävät rakennuksen seinään ja tuhoavat sen hyökkäävät kissat. Tätä varten sinun on laskettava laukaustesi liikeradat. Kun olet tuhonnut kaikki kissat, saat pisteitä ja siirryt pelin seuraavalle tasolle.