Sienivaltakunta ei näytä olevan niin suuri, ja siihen on kuitenkin kerääntynyt niin paljon roskaa, että se ei enää mahdu erityisesti nimetylle kaatopaikalle. Kuningas päätti heittää kaiken mereen, mutta Mario on täysin sitä vastaan. Super Mario Transporterissa hän aikoo viedä henkilökohtaisesti kaiken jätteen pois kotimaastaan, sinne, missä se tuhotaan tai kierrätetään. Tätä varten sankari valmisti useita rahtitankkeja ja muita aluksia. Mutta jonkun on autettava sankaria avaamaan tyhjennysventtiilit. Jätettä ei voi sekoittaa, se on eriväristä ja sen on vastattava säiliön väriä. Minne kaadat ne. Avaa luukut ja älä sekoita nesteitä Super Mario Transporterissa.