Sienivaltakunta on läpikäynyt muukalaisten hyökkäyksen. Ulkomaalaiset robotit kävelevät laitureita ja katuja pitkin ja uhkaavat kaikkia asukkaita rautakynsillään. Mario on ainoa, joka pystyy vastustamaan hyökkääjää, hän on jo syönyt sieniä, hänestä on tullut suuri Super Mario, joka on aseistettu vasaralla ja kivillä ja on valmis taistelemaan. Auta sankaria, hän liikkuu tarpeeksi nopeasti, ja sinä, napsauttamalla oikeassa alakulmassa olevia painikkeita, pakotat hänet joko heittämään kiviä tai lyömään vihollista vasaralla. On parempi heittää kiviä suurempia robotteja kohti. Ja pienille riittää voimakas isku päähän Super Mario Runissa.