Mikrobeista, joiden maailma on suuri eikä täysin ymmärretty, on sekä haitallisia että jopa vaarallisia ja hyödyllisiä, joita ilman ihminen ja muut elävät olennot eivät tule toimeen. Avoid The Germs -pelissä autat pientä sitruunanväristä mikrobia selviytymään vaarallisessa maailmassa. Hän yrittää puhdistaa kehon roskista mahdollisimman paljon, mutta tässä vaiheessa hän tarvitsee apua, koska pahoja valtavia punaisia mikrobeja on ilmestynyt. He jahtaavat lasta yrittäen niellä köyhän, ja se riippuu sinusta, kuinka kauan hän kestää Vältä bakteereita.
