Sodassa vihollinen yrittää ensisijaisesti tuhota sotilaallisia tiloja: lentokenttiä, sotilasyksiköitä, ammusvarastoja. Atomic Fighter 2D:ssä otat hävittäjäkoneen hallintaan ja suojaat taivasta sotilastukikohdan yläpuolella. Laivue vihollisen hyökkäyslentokoneita ja pommikoneita lähestyy jo sitä. Sinun tehtäväsi on pitää puolustus ja hyökätä aktiivisesti vihollista vastaan koko rintamalla. Siirrä hävittäjä vasemmalle tai oikealle siirtyen pois pommituksesta kohti lentäviä vihollisen lentokoneita ja hyökkää ja ammu itsesi tuhoten lentokoneet yksitellen. Kerää erilaisia bonuksia lennossa, ne auttavat sinua selviytymään valtavasta määrästä eteneviä vihollisia Atomic Fighter 2D:ssä.