Sonic Advance 3 -pelin kolmannessa osassa jatkat rohkean Sonicin ja hänen ystäviensä auttamista taistelemaan hullua tohtori pahaa vastaan. Hullu haluaa rakentaa kokonaisen kaupungin, jossa hän kasvattaa hirviöitä. Tätä varten hän tarvitsee kaaoksen kiviä. Sonicin on löydettävä ne ensin. Ennen kuin olet näytöllä, näet hahmosi ja hänen kumppaninsa. Ohjausnäppäimillä ohjaat molempien sankarien toimia kerralla. Sinun on saatettava heidät liikkumaan paikassa ja tarkastettava huolellisesti kaikki. Etsi kaikkialta hajallaan olevia kiviä ja esineitä ja kerää ne. Matkalla törmäät esteisiin ja ansoihin, joiden yli sankarisi joutuvat hyppäämään. Jos he tapaavat hirviöitä, hahmot voivat ohittaa ne tai tuhota ne liittymällä taisteluun. Vastustajien tappamisesta saat pisteitä Sonic Advance 3:ssa.