Mehiläiset työskentelivät aamusta pimeään, keräten mettä, rakensivat kennoja ja täyttivät ne hunajalla. Mutta eräänä päivänä, kun kaikki keräsivät siitepölyä, joku ryösti pesän ja vei pois hunajan lisäksi myös hunajakennoja. Onnistuit löytämään varastetun ja pelissä Bee Factory autat mehiläistä keräämään omaisuutensa. Tämä on tehtävä nopeasti ja taitavasti, koska makean pokaalin varastaja voi palata. Mehiläinen lentää ylös, ja ohjaat sen joko oikealle tai vasemmalle niin, että se kerää osia hunajakennoista ja välttää törmäyksen esteisiin: käpyihin, piikkeihin ja kovakuoriaisiin. Kerätty hunaja muuttuu Mehiläistehtaalla ansaitsemiksi pisteiksi.