Juoksupelit ovat erittäin suosittuja, ja kukapa ei olisi juossut virtuaalisilla teillä, moottoriteillä ja metrolinjoilla. Peli Nano Ninjas kutsuu sinut juoksemaan leikkisän pienen ninjan mukana. Hän päätti lähteä etsimään aarretta ja jopa löysi yhden muinaisen temppelin, josta hän saattoi saada jotain arvokasta. Mutta seurauksena hän ei vain saa mitään, vaan myös menettää henkensä. Heti kun hän työnsi päänsä temppeliin, valtava musta pantteri hyppäsi ulos häntä vastaan aikoen niellä kutsumattoman vieraan. Ninjan on aika paeta, ja sinun on aika puuttua asiaan ja auttaa häntä voittamaan esteet, jotta se ei muutu Nano Ninjojen pedon illalliseksi.
