Ninja päätti venytellä jalkojaan ja juosta ympäri kaupunkia keräten kolikoita. Pelissä Ninja Runner tapaat sankarin ja autat häntä järjestämään kaupunkiparkouria. Sankarille ei ole ylitsepääsemättömiä korkeuksia, voit napsauttaa kaveria useita kertoja ja hän hyppää mihin tahansa huipulle: tasolle, torniin ja toiseen huippuun. Kun olet juossut tason läpi, voit siirtyä toiselle, mutta ole varovainen, uusilla tasoilla on lisäesteitä terävien piikkien muodossa, joihin sinun ei tarvitse hypätä, jotta et menetä elämän sydämiä. Teräviä esteitä tulee yhä enemmän, mikä tarkoittaa, että sinun on oltava erittäin nopea ja ketterä pelastaaksesi ninjan ihmishenkiä Ninja Runnerissa.
