Erilaiset avaruustuholaiset ovat tunkeutuneet yhteen kaukaisella planeetalla sijaitsevaan maan asukasyhdyskuntaan. Sinun on pelissä Space Pest Annihilation autettava hahmoasi tuhoamaan kaikki tuholaiset. Edessäsi ruudulla näet hahmosi avaruuspukuun pukeutuneena. Hän on tietyllä alueella aseet käsissään. Etäisyydellä hänestä näet erivärisiä matoja. Sinun tulee osoittaa aseellasi heitä kohti ja tavoitella. Vasemmalla sijaitsevan erityisen asteikon avulla sinun on laskettava laukauksen teho ja suoritettava se, kun olet valmis. Jos otat kaikki parametrit oikein huomioon, aseen lataus osuu matoihin ja tuhoaa ne. Tätä varten sinulle annetaan tietty määrä pisteitä Space Pest Annihilation -pelissä ja siirryt pelin seuraavalle tasolle.
