Samalla kun me höperämme planeetallamme, selvitämme suhteita maiden, kansojen ja jopa naapureiden välillä, avaruudessa tapahtuu globaaleja muutoksia vaikutusvallan uudelleenjakautumisen osalta. Peli Alien War antaa sinun puuttua kahden suuren rodun väliseen konfliktiin ja nousta toisen puolelle, jota pidetään kehittyneempänä ja rauhallisempana. Vihollisella on kuitenkin myös vahva armeija, hän tähtää voittoon ja on taistellut yli vuosisadan. Sinun tehtäväsi ei ole päästää vihollisen laivoja läpi ampumalla niitä tyhjästä. Koska niitä tulee olemaan paljon, sinun on ohjattava vaihtamalla korkeutta ja suuntaa, jotta et joutuisi tulen alle Alien Warissa.