Kaikki eläimet eivät ole valmiita kuuliaisesti tottelemaan henkilöä ja menemään sinne, missä heidät ohjataan. Animal Runnerissa ohjaat ja autat monenlaisia eläimiä kotieläimistä villieläimiin, jotka yrittävät paeta. Tavallinen lehmä ryntää ensin ja melko nopeasti. Sinun tehtäväsi on painaa nuolinäppäimiä. Jotta eläin voi helposti ohittaa kuljetuksen tiellä, hypätä esteiden yli ja jopa ryömiä niiden alle, jos ei ole mahdollisuutta hypätä yli. Samalla sinun on kerättävä kolikoita päästäksesi käsiksi seuraavaan eläimeen, joka myös haluaa vapautta ja on valmis työskentelemään kanssasi tämän eteen pakenemalla Animal Runnerissa.