Mystiset tutkimukset johtavat poikkeuksetta yhteenotoihin toisten voimien kanssa, ja useimmiten nämä ovat pahoja haamuja. Shaggy ja Scooby eivät olleet koskaan tunnettuja rohkeudestaan, ja useimmiten mieluummin pakenivat, kun he tunsivat vaaran. Tällä kertaa Scooby Shaggy Run -pelissä kaverit eivät ole muuttaneet tapaansa. Pariskunta ryntää linnan käytävien läpi valtavan vihreän haamun takaa. Linna on vanha, lattialla makaa erilaisia esineitä, joiden läpi sinun täytyy ehtiä hypätä yli, muuten aave saa kiinni, se astuu jo kirjaimellisesti sankarien kannoilla. Ole tarkkaavainen ja reagoi nopeasti seuraavaan esteeseen antaaksesi käskyn hypätä Scooby Shaggy Runiin.