Ben 10: Brains vs Bugs -pelissä sinun on autettava hauskaa vihreää ulkomaalaista vapauttamaan kidnapatut ystävänsä. Edessäsi hahmosi näkyy näytöllä, joka sijaitsee tietyssä paikassa. Ohjausnäppäimillä ohjaat hänen toimiaan. Sankarisi joutuu kävelemään tiettyä reittiä ylittäen erilaisia ansoja ja muita vaaroja. Matkalla hän kerää kultakolikoita ja muita hyödyllisiä esineitä, jotka tuovat sinulle pisteitä Ben 10: Brains vs Bugs -pelissä ja voivat antaa hahmolle erilaisia bonuksia. Lisäksi hahmosi joutuu taistelemaan matkallaan törmääviä vikoja vastaan.