Kukaan ei kiistä Teenage Mutant Ninja Turtlesin ja Power Rangersin saavutuksia, mutta he eivät päässeet yksimielisyyteen keskenään ja jokainen ryhmä väittää olevansa parempi. Selvittääkseen, kuka on paras, sankarit päättivät järjestää taistelut keskenään, ja ne alkavat heti, kun astut peliin Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash. Valitset taistelijat, jotka tulevat ensimmäisenä areenalle. Taistelusarjan jälkeen jää vain yksi voittaja. Kukaan ei velvoita sinua juurruttamaan ketään, valitset itsellesi sankarin ja mainostat sitä auttaen voittamaan kaikki kilpailijat Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash -pelissä.