Juoksu on myös yksi tärkeimmistä harjoittelutyypeistä monissa urheilulajeissa. Se lisää kestävyyttä, jota tarvitaan tiettyjen harjoitusten suorittamiseen. Ninjat käyttävät myös juoksua, koska heidän ei tarvitse vain taistella, vaan myös juosta ja hypätä. Pelissä Ginger Ninja Escape autat sankaria pelottavassa puvussa juoksemaan mahdollisimman pitkälle. Sankari voi hypätä niin, ettei painovoima ole hänelle este. Napsauttamalla vasemmassa alakulmassa olevaa nuolta tai ylös osoittavaa nuolinäppäintä saat sankarin hyppäämään ja juoksemaan ylösalaisin. Tämä on välttämätöntä, jotta et törmää esteisiin Ginger Ninja Escapen pyörösahojen muodossa.
