Apokalypsi voi tapahtua useista syistä, Pelissä Apocalypse Run autat sankaria, joka oli koneiden kapinan seurauksena ilmestyneen maailmanlopun keskellä. Tekoäly, jonka ilmestymistä niin odotettiin ja jota ihailtiin sen nopean kehityksen vuoksi, päätti, että nyt se ei tarvitse ihmisiä. Lisäksi ne ovat jopa haitallisia, koska he tekevät kaiken väärin, käyttäytyvät usein irrationaalisesti, tuhoavat ympäristöä ja tappavat omia sukulaisiaan. Koneen mieleen on muodostunut vahva usko, että ihminen on planeetan suurin paha ja hänet on tuhottava. Näin alkoi järjestelmällinen ihmiskunnan tuhoaminen, ja Apocalypse Runin sankari haluaa välttää tämän ja autat häntä taistelemaan robotteja vastaan.
