Fruit Ninjan hedelmiä ei ole tarkoitettu syötäväksi salaateiksi tai vain huvin vuoksi. Ninjapelin sankari keräsi joukon hedelmiä, jotta hän ei menettäisi taitojaan katana-miekan kanssa. Sankari työskentelee kokina kahvilassa, muutama vuosi sitten hän jätti kotimaastaan ei omasta tahdostaan, vaan piiloutuen paikalliselta mafialta. Mutta mafioiden kädet ovat pitkät ja he voivat löytää hänet milloin tahansa, mikä tarkoittaa, että sinun on oltava valmis ja koulutusta tarvitaan. Ja koska käsillä ei ole erityisiä urheiluvälineitä, sinun on käytettävä hedelmiä. Assistentti heittelee vesimeloneja, banaaneja, omenoita, kiivejä ja muita hedelmiä, ja sinä leikkaat ne Fruit Ninjassa.