Valkoinen Bob-niminen lintu lensi etelään osana laumaansa, mutta kun he lensivät kaupungin yli, lintu kiinnostui siitä, että jotkut linnut jäävät talveksi eivätkä lennä. Hän päätti jäädä hieman lauman taakse ja kysyä, miksi näin tapahtui. Laskeutuessaan alemmas, lintu oli korkeiden rakennusten ympäröimänä ja paniikissa, eikä paniikki koskaan johtanut mihinkään hyvään. Sinun täytyy auttaa lintua Flappy Bobissa. Hän ei enää halua tietää mitään, hänen ainoa toiveensa oli paeta kivistä kaupunkiviidakosta ja saada kiinni laumaansa. On tärkeää olla koskematta Flappy Bobin talojen seiniin ja kattoihin ja yrittää pitää lintu tietyllä tasolla.
