Muukalaisen laiva syöksyi jonnekin erämaahan kaukaiselle ja tuntemattomalle planeetalle Maa. Muukalainen ei aikonut laskeutua planeetallemme, mutta hänen aluksensa menetti hallinnan törmäyksestä meteoriitin kanssa ja syöksyi maahan. Lentäjä selvisi hengissä, mutta hänen putoamisensa ei jäänyt huomaamatta. Tutkat ja satelliitit havaitsivat tuntemattoman kohteen ja helikopterit lensivät välittömästi onnettomuuspaikalle. Muukalaisen täytyy paeta, hän ei halua tulla kokeilukohteena. Auta häntä juoksemaan nopeasti ja taitavasti hyppäämään kaktusten ja muiden esteiden yli keräämällä kolikoita. Alien Runnerissa saat ajoittain helikopterin kiinni ja sinua ammutaan ohjuksilla.