Ninja oli juuri palannut vaellukselta ja päätti vierailla kotimaisessa luostarissaan, jossa hän opiskeli, ja hänen suosikkiopettajanaan, joka antoi hänelle valtavan määrän tietoa ja opetti hallitsemaan kehoaan ja henkeään. Hän huomasi munkit epätoivossa ja suuressa turhautuneisuudessa. Edellisenä päivänä punainen samurai hyökkäsi luostariin ja varasti kokoelman muinaisia kiviä, joissa oli riimuja. Nämä ovat pyhiä kiviä, joita on säilytetty luostarissa vuosisatojen ajan. Sankarimme vannoi palauttavansa kaiken varastetun ja lähti välittömästi matkalleen. Auta Ninja Runin sankaria täyttämään hänen pyhä tehtävänsä. Ninja juoksee, ja sinä autat häntä hyppäämään esteiden ja vihollisten yli ajoissa keräämällä kiviä.
