Lintujen muutto on lintujen vuotuista muuttoa lämpimille alueille. Syksyn saapuessa monet lintulajit suuntaavat etelään selviytyäkseen kylmästä talvesta. Ankat ovat yksi niistä, ja pelissä autat yhtä ankkaa voittamaan vaikean lennon. Mutta ensin sinun on valittava hahmo pelissä esitellyistä sankareista: Pam, Mac, Uncle Dan, Gwen ja Dax. Jokainen heistä tottelee ohjaustasi. Migration Flappy Duckin juoni on, että lintu on jäänyt parven taakse. Kun kaikki sukulaiset lensivät pois, hänen siipinsä vaurioitui, mutta nyt se on parantunut ja voit yrittää saada parven kiinni ja lentää yhdessä. Mutta ensin sinun on voitettava monia esteitä ja räpytettävä siipiäsi voimakkaasti ilman taukoa Migration Flappy Duckissa.
