Flipperiä pelataan käyttämällä yhtä tai useampaa raskasta metallipalloa ampumaan pelikentän poikki ja keräämään pisteitä lyömällä erilaisia esineitä. Pinbo Questin sankari käyttää hieman suurempia palloja tyhjentääkseen polkunsa ja mennäkseen kaikkien porttien läpi. Alussa sankari kerää kuusi palloa selkänsä taakse, ja ohjaat hänen heittonsa tuhoamaan paitsi numeroarvoisia lohkoja, myös vihollissotilaita, jotka saattavat tukkia polun. Pallien lisäksi voit käyttää raketteja ja pommeja, mutta ne eivät ole ilmaisia. Jokaisesta onnistuneesta passista saat mahdollisuuden valita kolme arkkua Pinbo Questin sarjasta.