Jokaisella tasolla edessäsi ilmestyy pari sankaria täysin eri tasoilla. Nämä voivat olla aivan tavallisia poikia tai tyttöjä, supersankareita ja niin edelleen. Persona Runnerin alussa näet osallistujan, josta sinun on luotava se, mitä sinulle näytettiin ennen juoksua. Sankarin on kerättävä jotain, joka lisää punaista tai sinistä väriä asteikolla. Ensin päätät, minkä värin tulisi olla vallitseva, ja kerää vain sitä, mikä saa sen kasvamaan. Jos hänen tasonsa maalissa on yli puolet sankarin pään yläpuolella olevasta asteikosta, suoritat tason. Ja vaatimattomasta juoksijasta tulee loistava sankari Persona Runnerissa.
