Pelin Subway Runner 3D sankari jäi viimeisestä junasta metrossa ja päätti mennä kotiin jalkaisin, mutta metroa pitkin menemättä pintaan. Päivystävä poliisi huomasi hänet ja haluaa pysäyttää hänet, koska metrolla liikkuminen on ehdottomasti kiellettyä senkin jälkeen, kun junat eivät enää kulje. Mutta tämä ei pysäyttänyt sankariamme; hän kiihtyi ja juoksi eroon poliisin takaa-ajoista. Auta häntä välttämään esteitä, hyppäämään niiden yli tai ryömimään niiden alle. Kerää kolikoita ja juoksemisesta tulee sankarille kannattavaa Subway Runner 3D:ssä.
