Useiden ihmisen aiheuttamien katastrofien jälkeen planeettojen ekologia on heikentynyt suuresti, ja ihmisten on vaikea elää. Mutantteja ilmestyi, jotka sopeutuivat nopeasti uusiin olosuhteisiin. Heidän verensä voisi olla perusta rokotteen luomiselle, joka auttaa tavallisia ihmisiä tulemaan vahvemmiksi ja terveemmiksi. Pelin Mutant Blood sankari on maailmankuulu tiedemies, joka yhdisti kaikki planeetan älykkäät päät luodakseen rokotteen. Työ on alkanut kaikissa salaisissa laboratorioissa, mutta Mutantbloodin prosessiin on ilmaantunut niitä, jotka haluavat puuttua prosessiin - nämä ovat ääriaineksia.
