Kosmiset kappaleet syntyvät mikroskooppisista itiöistä, jotka kerääntyvät yhteen, lisäävät vähitellen biomassaa ja keräävät ympärilleen kaiken, mikä voi muodostaa ytimen. Spore Guard-pelissä luot kirjaimellisesti kokonaisen planeetan tyhjästä. Sen pitkän aikavälin kehityksen tiellä tulee olemaan paljon esteitä. Uuden kehon ilmestyminen houkuttelee erilaisia itiöitä ja mikro-organismeja, jotka alkavat vetää ytimeenne kuin magneetti. Ammu heitä ja kerää saatu biomassa käytettäväksi rakentamisessa. Selviydy taistelemalla hyökkäysaaltoja vastaan, valitse mutaatioita ja kehity Spore Guardiksi.
