Ihmiskunta selviää parhaansa mukaan maailmanloppujen aikana, ja zombit etenevät vääjäämättä. Pelissä Pixel Zombie Base Defense autat sankaria varmistamaan pienen tukikohdan turvallisuuden. Se on hyvin suojattu, mutta ihmisiä ei ole tarpeeksi, sankarin täytyy juosta tornista torniin ampuakseen aidan yli tunkeutuvia zombeja. Tapetut zombit muunnetaan kolikoiksi, jotka voidaan käyttää tukikohdan vahvistamiseen; siihen ilmestyy uusia hahmoja, jotka voidaan sijoittaa torneineen ja tuhota tehokkaasti epäkuolleet Pixel Zombie Base Defensessa.
